Фамилия Даниличенков — редкий случай, когда в одном слове уживаются два уменьшительных суффикса, и это сразу выдает её «младшую» природу. В основе лежит крестильное имя Даниил (в бытовой форме Данила), но путь к фамилии был не прямым. Сначала от имени образовали патроним (отчество) Даниличенко — так в южнорусских и украинских землях называли сына Данилы. Суффикс -енк(о) там был стандартным указателем на родство, почти как наш -ович. А затем, когда носитель такого отчества переселялся севернее, в великорусские области, его фамилию «подгоняли» под местную модель, добавив типичный русский суффикс -ов. Получилась форма Даниличенков — буквально «чей?» — «сын Даниличенко». Это типичная «фамилия от фамилии», указывающая на миграцию предка или на то, что родоначальник воспринимался как выходец с Украины или юга России.

Корень фамилии — библейское имя Даниил, что значит «Бог мой судья». В народе имя звучало как Данила, поэтому в основе мы видим форму Данил-, а не Даниил-. Двойной суффикс -иченк-ов — главная отличительная черта. Такие фамилии (ср. Иваниченков, Гавриличенков) встречаются нечасто и почти всегда указывают на вторичное образование: предок уже носил фамилию на -енко, а его потомки, попав в другую языковую среду, русифицировали её.

По сословной принадлежности предки Даниличенковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянские роды с такой фамилией не фиксируются. Географически фамилия тяготеет к областям, граничащим с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской, а также к казачьим регионам Дона и Кубани. Там переход от украинской модели к русской был естественным процессом в XIX веке. Встречается фамилия и в центральной России, но заметно реже.

Если сравнивать с однокоренными, то Данилов и Данилин — более древние и простые по форме, они возникли прямо от имени. Данильченко — украинский вариант, а Даниличенков — его «обрусевший» потомок. Таким образом, фамилия хранит память о перемещении семьи и о том, как язык подстраивал фамилию под новые правила.