Фамилия Данилишен (встречается и вариант написания Данелишен) происходит от мужского имени Данилиша — уменьшительно-ласкательной формы древнееврейского имени Даниил. В переводе оно означает «мой судья — Бог». Потомок человека по имени Данилиша со временем получил фамилию Данилишен.

В основе фамилии лежит суффикс -ен, который характерен для украинской и белорусской ономастики. Такая модель образования (основа + -ен) указывает на принадлежность: «Данилишен» буквально значит «чей-то сын» или «потомок Данилиши». Это отличает фамилию от более частотных русских форм на -ов и -ин (Данилов, Данилин) и выдаёт в ней западнорусское или малороссийское происхождение.

Само имя Даниил было широко распространено среди всех сословий, поэтому фамилия не привязана к какому-то одному социальному слою. Однако суффикс -ен чаще встречается в среде крестьянства и мещанства, а не дворянства. Таким образом, предки носителей фамилии Данилишен, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами или ремесленниками, жившими на территории современной Украины или Беларуси.