Фамилия Данилишин образована от мужского имени Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «мой судья — бог». В основе фамилии лежит не само полное имя, а его разговорная, производная форма — Данилиша. Такое ласкательное или уменьшительное прозвище было широко распространено в быту: так на Руси называли мальчика или взрослого мужчину по имени Даниил в домашнем кругу. Фамилия Данилишин буквально означает «чей?» — «сын Данилиши» или «потомок Данилиши».

Словообразовательная модель здесь типична для русских, украинских и белорусских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. Если основа оканчивается на -а или -я, фамилия приобретает окончание -ин (как в случае с Данилишей). Это отличает её от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный. Таким образом, Данилишин — одна из «патронимических» фамилий, где суффикс прямо указывает на отца или предка.

Интересно, что имя Даниил дало множество фамилий-«однокоренников»: Данилов, Данилин, Данильченко, Данилюк. Но форма Данилишин встречается реже, что делает её более локальной. Географически фамилия чаще всего встречается в западных регионах России, а также на Украине и в Беларуси — там, где были распространены именно суффиксальные формы на -иша. В некоторых говорах «Данилиша» могло быть не просто уменьшительным, а прозвищем, закреплённым за конкретным человеком по какой-то внешней или поведенческой черте.

В целом, происхождение фамилии прозрачно: она не связана с ремеслом или местностью, а целиком восходит к личному имени. Правдоподобнее всего считать, что первый носитель фамилии Данилишин был сыном или потомком человека, которого в округе знали под именем Данилиша.