Фамилия Данилишиина — редкий пример того, как женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и передавалась по наследству. Обычно такие фамилии на -иина/-ыина встречаются в южнорусских и украинских говорах, где женой могли называть по мужу: «Данилишина» — жена или вдова Данилиши. Если же фамилия писалась с двумя «и» в корне, это могло быть следствием диалектного произношения (Данилишина → Данилишиина) или особенностей записи в документах.

Основа фамилии — мужское имя Данила, народная форма канонического Даниил (с древнееврейского — «Бог мой судья»). Суффикс -их-/-иш- в русских фамилиях указывает на принадлежность: Данилишиины — те, кто из семьи Данилиши (сын, дочь, потомок). Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -их/-ых (Седых, Болдыревых) фиксировали родство по старшему в доме. Однако окончание -а в Данилишииной выдаёт скорее женский вариант, который в некоторых семьях стал родовым из-за того, что запись в ревизских сказках или метриках велась по матери (вдова, солдатка).

Географически фамилия редкая, встречается точечно в Воронежской, Ростовской областях и на юге Украины. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные формы на -ишиина не выделяются отдельно, поскольку это нестандартный вариант патронимической фамилии. Спор о том, писать её с одним или двумя «и» в корне, решается архивными записями: в дореволюционных документах часто путали окончания, и фамилия могла выглядеть как Данилишина, Данилишеина или Данилишиина. Современное написание с двумя «и» — результат орфографической нормы, закреплённой в паспорте.

Таким образом, предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, жившие в южнорусских губерниях. Прозвище или имя Данила было в основе, а суффикс -иши- указывает на то, что фамилия образована не от отца, а от матери или жены — что не редкость в семьях, где мужчина погибал на службе или уходил на заработки. Фамилия не знатная, но крепкая, бытовая, без претензий на древность — и в этом её ценность как маркера конкретной семейной истории.