Фамилия Данилкин образована от имени Данилка — одной из многочисленных народных форм крестильного имени Даниил. Исходное древнееврейское имя означает «мой судья — бог», а на русской почве оно дало десятки уменьшительных и обиходных вариантов: Даня, Данила, Данилка. Именно форма Данилка с суффиксом -к-, указывающим на ласкательное или просторечное звучание, и стала основой фамилии.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе Данилк- добавляется притяжательный суффикс -ин, то есть «чей?» — Данилкин. Это значит «сын Данилки» или, шире, «потомок человека по имени Данилка». Такая схема была особенно распространена в XVI–XVII веках среди крестьян и посадских людей: она фиксировала имя отца или прозвище главы семьи.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто получали бояре и дворяне, фамилии на -ин в массе своей бытовали в северных и центральных губерниях России. Данилкины могли быть крестьянами, ремесленниками или мелкими служилыми людьми — сословная принадлежность тут не закреплена, а определяется только региональными переписями.

Стоит отметить, что фамилия Данилкин не единственная в этом гнезде: однокоренные Данилов, Данильченко, Данилюк, Данилевич образованы от тех же корней, но через разные суффиксы и в разных языковых традициях. Данилкин — одна из самых «русских» по звучанию и суффиксу форм, сохранившая разговорный оттенок исходного имени.