Фамилия Данилкина образована от просторечной формы имени Данила — Данилка. Это не уменьшительно-ласкательный вариант, а обиходное имя, распространённое в рабочей и крестьянской среде в XVI–XVII веках. Именно от него через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Данилкин сын), и возникла фамилия.

В основе лежит каноническое имя Даниил, что в переводе с древнееврейского означает «Бог мой судья». Однако фамилия пошла не от полной церковной формы, а от её народного, бытового варианта. Это характерно для русских фамилий низовых сословий — они чаще фиксировали не книжное, а живое звучание имени.

Модель образования типична для центральной России и Поволжья: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я. Данилкин — не исключение. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием: например, в переписных книгах по Арзамасскому уезду упоминается «Данилка Иванов» — то есть человек, которого в быту звали именно Данилкой, а не Даниилом.

Таким образом, фамилия Данилкина буквально означает «дочь (или жена) Данилки» в женском роде, а в мужском — «потомок Данилки». Со временем она закрепилась за целым родом, и сейчас её носители могут быть связаны не только с крестьянскими корнями, но и с городскими сословиями, куда фамилия перешла после отмены крепостного права.