Фамилия Дедера — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами пример фамилии, закрепившейся в неизменной форме, без патронимического окончания.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию Дедера с немецким или голландским именем Dieder (краткая форма от Diederich, аналог русского Дмитрий). В немецкой ономастике фамилии без суффиксов (так называемые «чистые» фамилии) встречаются часто. В таком случае предок носителя фамилии мог быть выходцем из немецких колоний или переселенцем, работавшим в России. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Дедера встречается в Прибалтике и в регионах России, где исторически селились немцы (Поволжье, Санкт-Петербургская губерния).

Менее вероятная, но возможная гипотеза — происхождение от литовского слова «dedervinė» (лишай) или «dėdė» (дядя). Однако в литовском языке фамилии обычно имеют окончания -ис, -ус, -ас, поэтому форма Дедера скорее указывает на остзейско-немецкое влияние, чем на чисто литовский корень.

В русском языке фамилия Дедера склоняется по образцу существительных мужского и женского рода на -а: Ивана Дедеры, к Ивану Дедере. Поскольку фамилия не имеет суффикса принадлежности, она не указывает на род занятий или отчество предка, а лишь фиксирует его личное имя или прозвище в застывшей форме. Если искать однокоренные русские фамилии, то ближе всего стоит Дедов, но связь между ними очень слабая — корни разные.