Фамилия Деньковец — редкий пример, в котором восточнославянская основа «Деньк-» соединилась с западнославянским суффиксом «-ец». Такая модель указывает на территорию формирования: скорее всего, Беларусь или западные области Украины, где суффикс «-ец» в фамилиях встречается чаще, чем в великорусских землях. В России аналогичное окончание обычно давало бы фамилию Деньков или Денькин.

Корень «Деньк-» восходит к личному имени Денька — уменьшительной форме от Денис (разговорное Дениска → Денька). Церковное имя Денисий, в народе превратившееся в Дениса, было одним из самых популярных на Руси, поэтому производных от него фамилий множество: Денисов, Денисенко, Денисюк, и в том числе Деньковец. Исходное «Денька» — это не только сокращение от Денис, но и ласкательная форма, как Ванька от Иван, Сенька от Семён.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Денька, образованным от слова «день» или «деньга». В говорах «денька» могло означать дневную работу или мелкую монету, но доказательств такой трактовки для этой фамилии нет. Ономастика обычно отдаёт предпочтение антропонимическому объяснению, когда в основе лежит имя, а не нарицательное слово.

Социальный состав носителей фамилии Деньковец в прошлом — почти наверняка крестьяне или мещане. Фамилии на «-ец» в западнорусских регионах часто фиксировали принадлежность к определённой местности или роду занятий, но в данном случае суффикс присоединён к личному имени, а не к названию деревни или профессии. Это типичная «патронимическая» модель: сын Деньки стал Деньковцем.

В современных базах данных фамилия встречается в основном в Беларуси, а также в России в районах, граничащих с Беларусью — Брянской, Смоленской областях. Встречаемость низкая, что делает фамилию локальной и хорошо сохранившей исходную форму без искажений.