Фамилия Докудаева — женская форма, а мужская, Докудаев, образована по простой и распространённой модели: к основе добавили суффикс -ев. Этот суффикс в русских фамилиях указывал на принадлежность: «чей?» — сын Докудая, то есть Докудаев. Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Докудай.

Само имя Докудай — звучит необычно, но его происхождение прозрачно. В русских говорах «докуда» — это просторечный синоним «докуда?» (до какого места). Однако прозвище Докудай, скорее всего, не связано с географией. В народной речи «докудай» могли называть человека, который докучает, надоедает, пристаёт с расспросами или просьбами. Глагол «докучать» (докудаться) здесь прямой родственник. Таким образом, Докудай — прозвище по характеру: навязчивый, неотвязный, тот, кто «докудал» до чего-то.

Менее вероятная, но возможная версия: Докудай — это вариант имени Докукай, от «докука» (докука, надоедливая просьба). В старых писцовых книгах встречаются прозвища Докука, Докучай — все они из того же гнезда. Фамилия Докудаев могла закрепиться в разных регионах, но особенно характерна для южнорусских областей, где «докуда» и «докучать» звучали чаще, чем на севере.

Сословная принадлежность у Докудаевых не зафиксирована в известных генеалогических справочниках, но по модели образования (суффикс -ев от прозвища) это типичная крестьянская или посадская фамилия. Дворянские роды с такой основой не отмечены. Уникальность фамилии — в её «говорящем» корне: она прямо указывает на человеческое качество, которое дало прозвище предку.