Фамилия Докудины — яркий пример того, как просторечное, почти шутливое прозвище стало основой для родового имени. Её корень — глагол «докуда́ть» или «доку́довать», который в старых русских говорах означал «докучать, надоедать, приставать с просьбами». Человека, который постоянно клянчил, канючил или просто был назойливым, могли прозвать Докуда или Докуд. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Докудин — это «сын Докуды» или «из семьи Докуды».

Модель образования здесь та же, что и у фамилий Плаксин, Ворчун, Жадин — от прозвищ, характеризующих поведение. Важно, что прозвище не обязательно несло резко отрицательный смысл. В крестьянской среде «докудой» могли в шутку назвать и настойчивого, упрямого человека, который добивается своего, или просто болтливого соседа. Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия, и первоначальный оттенок назойливости стёрся.

В документах фамилия встречается с XVII века, преимущественно на северо-востоке России — в Вятской, Пермской, Костромской губерниях. Это регионы, где активно бытовали диалектные формы глагола «докучать». Среди однокоренных фамилий — Докудовский, Докучаев, Докудов. Докудины не были дворянским родом; это типичная крестьянская или посадская фамилия, что подтверждается её отсутствием в «Бархатной книге» и других родословных сборниках.

Версия о происхождении от канонического имени Докука (уменьшительная форма от Дормидонт или Дометий) маловероятна. Такие формы не зафиксированы в святцах, и топонимика (наличие деревень Докудино в тех же северных областях) указывает именно на прозвищную, а не на крестильную основу. Таким образом, Докудины — потомки людей, получивших своё родовое имя за особенность характера: настойчивость, словоохотливость или привычку докучать.