Фамилия Докудина — женская форма, а мужская, Докудин, встречается заметно реже. В разговорной речи и в документах XX века её нередко путали с более частотной фамилией Докудов, но происхождение у них разное.

В основе фамилии лежит нецерковное имя или прозвище Докуда. В русских говорах «докуда» означало «докуда?» — то есть «до каких пор?», «доколе?». Такое прозвище могли дать человеку, который любил допытываться, надоедал расспросами, или, наоборот, тому, кто постоянно медлил, тянул время, заставляя ждать. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «докучать» в значении «надоедать», и прозвище Докуда стоит в одном ряду с другими «докучающими» именами — Докука, Докучный. В старину подобные бытовые имена не считались оскорбительными, их давали для узнавания в быту, и они свободно переходили в фамилии.

Фамилия образована по древнейшей восточнославянской модели: к основе Докуд- прибавили суффикс принадлежности -ин. «Докудин» буквально означало «сын Докуды», «из семьи Докуды». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или -я, — точно так же появились Путятин от Путята, Ильин от Илья. Если бы основа звучала как Докуд, фамилия имела бы окончание -ов (Докудов), но форма Докуда дала именно -ин.

Географически фамилия Докудина встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской, а также в Поволжье. Это согласуется с тем, что прозвища на -а особенно распространены в северных и северо-восточных говорах. Встречаются и варианты написания через «о» — Докодина, но они редки и, скорее всего, результат ошибки переписчиков или местного аканья.

Иногда Докудиных путают с однокоренными Докучаевыми. Но Докучаев происходит от прозвища Докучай («тот, кто докучает»), а Докудин — от более лаконичного Докуда. Разница в суффиксе: -ев против -ин — указывает на разную основу, хотя корень один. Если ваш предок носил фамилию Докудин, он, скорее всего, происходил из среды крестьян или посадских людей, где такие «характерные» прозвища были обычны. Сведений о дворянском роде с этой фамилией нет — она осталась простонародной, что делает её типичным примером русской фамилии, рождённой из живого слова, а не из церковного календаря.