Фамилия Долгинина — это отчество второго порядка: она образована от прозвища Долгиня через его сына (Долгинин сын). Суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?», то есть Долгинина — дочь или вдова Долгинина, а в основе лежит мужская форма Долгинин. Само прозвище Долгиня восходит к слову «долгий» в значении «большой, длинный» — так могли назвать высокого и худощавого человека.

В русской ономастике корень «долг-» в прозвищах встречается с XV века. По данным С. Б. Веселовского, прозвище Долгий и его варианты (Долгово, Долгой) были очень распространены в XV–XVI веках. В своих «Ономастиконе» он упоминает князя Афанасия Ивановича Долгого Вяземского — известного опричника, казнённого в 1570 году, и Бориса Ивановича Долгово, который в 1495 году получил поместье в Новгороде. Форма Долгиня — уменьшительно-ласкательный вариант того же прозвища, характерный для северных и центральных говоров.

Интересная деталь: фамилия Долгинина — одна из немногих, где ударение в современном бытовании часто падает на второй слог (Долги́нина), хотя по правилам отчества на -ин ударение обычно сохраняется на основе (До́лгин). Это говорит о возможном влиянии местных говоров или о том, что в основе лежала форма с ударным суффиксом — Долгиня́.

Родственные фамилии — Долгин, Долгих, Долгов, Долгушин — все они восходят к тому же прозвищу, но с разными суффиксами и окончаниями. Долгинина — самая «женственная» форма, которая закрепилась в документах как неизменяемая фамилия для женщин (в отличие от Долгинин — для мужчин). Таким образом, предок носительницы этой фамилии был человеком роста выше среднего, получившим прозвище Долгиня, и его потомки стали Долгиниными.