Фамилия Долгинина образована от прозвища Долгиня. Скорее всего, оно восходит к слову «долгий» в значении «большой, длинный». Веселовского отмечается, что Долгий, Долгово — очень распространенное прозвище в XV-XVI вв. Так, здесь записаны кн. Афанасий Иванович Долгий Вяземский, известный опричник, казненный в 1570 г.; Борис Иванович Долгово, 1495 г., Лух, получил поместье в Новгороде. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Долгиня, со временем получил фамилию Долгинина.