Фамилия Долгининский — редкий случай, когда топонимическая основа соединилась с нестандартным суффиксальным оформлением. Если большинство фамилий на -ский образованы от названий городов, сёл или усадеб (например, Тверской, Ростовский), то здесь мы видим суффикс -инский, который обычно указывает на принадлежность к более мелкому географическому объекту — деревне, хутору или даже отдельному дому. В основе лежит прозвище Долгиня — «долговязый, высокий и худой человек». Такие прозвища в XV–XVII веках давали без злого умысла, по внешнему признаку, и они легко закреплялись в качестве фамильного имени.

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Долгиня → название населённого пункта Долгинино (или Долгинское) → фамилия Долгининский. То есть предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим деревней Долгинино, либо крестьянином, выходцем из этого села. В России XVI–XVII веков такие фамилии чаще всего получали дворяне и служилые люди, но позже, после отмены крепостного права, их могли принять и бывшие крепостные, записавшись по месту рождения.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным регионам России. В писцовых книгах XVI века встречаются упоминания деревень Долгинино в Новгородской и Тверской губерниях, а также в бывших владениях Новгородской республики. В современных базах фамилия встречается крайне редко — это один из тех случаев, когда антропоним сохранился в единичных семьях, возможно, потомков однодворцев или мелкопоместных дворян, не попавших в массовые переселения XX века.

Стоит отметить, что ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Долги́нинский, и Долгини́нский. Первый вариант ближе к ударению в исходном прозвище Долги́ня, второй — к типичному для фамилий на -инский, где ударение часто падает на предпоследний слог (как в фамилии Трубецко́й). В официальных документах советского времени закрепился второй вариант, но в устной речи встречаются оба.