Фамилия Домакова — женская форма фамилии Домаков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа «Домак» сразу отсылает к слову «дом», но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательный суффикс -ак. В русской ономастике суффикс -ак (как в Ивак, Петрак, Домак) часто указывал на принадлежность к чему-то или на характерную черту: Домак могло быть прозвищем домоседа, человека, который редко покидал свой дом, или, наоборот, того, кто был «домашним», хозяйственным.

Вторая версия, не менее правдоподобная, связывает фамилию с крестильным именем Дометий (Дометиан), которое в просторечии сокращали до Дома, Домак. Такие усечённые формы были типичны для русских деревень: от полного имени отбрасывали часть, оставляя основу, а затем добавляли суффикс, чтобы сделать прозвище привычным для слуха. Домак могло быть и самостоятельным мирским именем — в дохристианской традиции имена, образованные от «дом», давали в пожелание крепкого хозяйства и оседлой жизни.

Географически фамилия Домаков (и Домакова) редкая, но встречается в центральных и северных областях России, где суффикс -ак был особенно распространён. В соседних фамилиях, например, Домашов или Домнин, корень тот же, но модель образования другая: -ов и -ин. Домакова стоит в ряду с такими же «домашними» фамилиями, как Домников, Домовой, Домовитов, но выделяется именно уменьшительным оттенком — она звучит не как указание на должность или профессию, а как прозвище, данное в кругу семьи или соседей. Если предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или посадскими людьми, у которых прозвища закреплялись за родом без официального утверждения.