Фамилия Домкова образована от мужского прозвища или нецерковного имени Домко. Чаще всего Домко — это польско-чешская уменьшительная форма имени Фома (в переводе с арамейского — «близнец»). Такая форма была распространена не только в Польше и Чехии, но и на западнорусских землях, особенно на Украине. Поэтому в основе фамилии лежит именно Фома, а не другое имя.

Менее вероятна гипотеза, возводящая Домко к крестильному имени Домн (от латинского «господин»). Эта версия проигрывает географически: форма Домко как производная от Фомы встречается в источниках гораздо чаще и имеет чёткую региональную привязку.

В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от отчества или прозвища отца. Домкова — женская форма от Домков, то есть «дочь (или жена) Домка». Суффикс -к- в исходном имени Домко указывает на ласкательно-уменьшительное значение: так могли называть ребёнка, младшего родственника или просто человека в неформальной обстановке.

Интересно, что выражение «Фома неверующий», ставшее нарицательным для скептического слушателя, восходит к евангельскому сюжету. С точки зрения ономастики это не имеет прямого отношения к фамилии Домкова, но объясняет, почему имя Фома и его производные были так живучи в народной среде: за именем стоял узнаваемый библейский характер.

Фамилия встречается в центральных и северо-западных областях России, а также в Беларуси, что согласуется с ареалом бытования польско-украинских форм имени Фома. В документах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и мещан с прозвищем Домко, от которого позднее и закрепилась фамилия.