Фамилия Домниковы образована от личного прозвища. Её основа — слово «домник». На Русском Севере так называли большой чан для варки пива, поэтому прозвище Домник чаще всего получал пивовар. В переносном смысле так могли прозвать полного, грузного человека — по ассоциации с той же пузатой бочкой. Это основная и самая правдоподобная версия.

Существует и другая гипотеза, которая связывает фамилию с церковным именем Домника. Покровительница имени — святая мученица Домника, пострадавшая за веру в 286 году (день памяти — 12 октября). Однако эта версия менее убедительна: женское имя Домника редко становилось основой для русских фамилий на -ов, которые обычно образовывались от мужских имён или прозвищ. Скорее всего, перед нами именно прозвищная фамилия, указывающая на род занятий или внешность предка.

Модель образования проста: прозвище Домник плюс типичный русский суффикс -ов, обозначающий принадлежность («чей?» — сын Домника). Фамилия Домниковы закрепилась в северных и центральных губерниях России, где пивоварение было распространённым домашним промыслом. Среди однокоренных фамилий — Домников, Домничев, Домнин, но у каждой своя история: например, Домничев образован от полной формы Домнич, а Домнин — напрямую от имени Домна.