Фамилия Драченины образована от прозвища, и её основа — глагол «драться». Первый носитель, скорее всего, получил прозвище Драчун за буйный нрав и частые стычки. В фамилии произошла закономерная замена звука: исторический процесс палатализации (смягчения) превратил «ч» в сочетании с последующим гласным в «щ». Форма «Драченин» — это результат такой фонетической адаптации, когда исходное «Драчунин» преобразовалось в более благозвучный для русского уха вариант.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Драченин — это «сын Драчуна», что типично для северных и центральных областей России. Такая модель образования фамилий (от прозвища с суффиксом -ин) была особенно распространена в Новгородской и Псковской землях.

Есть и альтернативная, менее очевидная версия. В некоторых говорах «драчёна» — это кушанье из картофеля или яиц, что-то вроде запеканки или котлетки. Прозвище Драчёна мог получить любитель этого блюда или тот, кто его готовил. Тогда фамилия Драченин — это «сын Драчёны». Этот вариант менее вероятен, но исключать его полностью нельзя, так как прозвища от еды в русской ономастике встречаются часто.

Обе гипотезы рабочие, но первая — от глагола «драться» — кажется более убедительной, потому что прозвища, характеризующие поведение человека, всегда были более распространены, чем «кулинарные». Точное время и место возникновения фамилии Драченин не установлены, как и для большинства фамилий такого типа. Она могла возникнуть независимо в разных регионах, везде, где жил человек по прозвищу Драчун или Драчёна.