Фамилия Дрофин образована от мирского имени или прозвища Дрофа. В основе лежит название крупной степной птицы — дрофы. У неё мощные ноги, и при опасности она предпочитает не взлетать, а быстро убегать. Если имя Дрофа давали при крещении как нецерковное, то родители могли вкладывать в него пожелание, чтобы ребёнок перенял от природы качества этого представителя животного мира — выносливость, осторожность или проворство. Если же изначально это было прозвище, то так могли назвать человека быстрого, стремительного или, напротив, грузного и тяжёлого на подъём — в народе дрофу иногда сравнивают с неуклюжим, но резвым бегуном.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на -а/-я: чей? — Дрофин, то есть сын или потомок Дрофы. В ономастике эта модель считается одной из самых древних, особенно в северных и центральных областях России. Фамилия Дрофин встречается нечасто, но имеет однокоренные параллели: Дрофов, Дрофанов. В некоторых говорах слово «дрофа» могло звучать как «дрохва» или «дрофа́», поэтому возможны варианты написания через «х» — Дрохвин, хотя они уже редки.

Никакого отношения к благородному сословию фамилия не имеет: мирские имена из названий птиц и зверей были распространены у крестьян и посадских людей вплоть до XVIII века. В архивных записях встречаются крестьяне Дрофины из южнорусских губерний, особенно из степных областей, где дрофа была обычной дичью. Спорных версий происхождения у этой фамилии нет: связь с птицей прямая и очевидная, а альтернативные гипотезы (например, от тюркского корня) не имеют подтверждений и выглядят натянутыми.