Основой фамилии Дубынин послужило мирское имя Дубыня. Славянское нецерковное имя Дубыня образовано от слова «дуб» и буквально означает «подобный дубу, несокрушимый». Имя Дубыня носил сказочный персонаж, богатырь, один из трех чудесных помощников. В сказке его сила проявляется в том, что он выворачивает дубы, откуда якобы и его имя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Дубыня, со временем получил фамилию Дубынин.