Фамилия Дубынина образована от мужского личного имени Дубыня. Это древнерусское нецерковное (мирское) имя, которое давали в семье до крещения или наряду с крестильным. Основа имени — слово «дуб»: Дубыня буквально значило «подобный дубу, несокрушимый». Имя не было редкостью и встречалось в разных слоях общества, потому что дуб в славянской культуре — символ силы, долголетия и упорства.

В русских сказках имя Дубыня носит один из чудесных помощников героя, могучий богатырь, который «дубы выворачивает». Эта деталь закрепилась в народном сознании и, возможно, усиливала популярность имени. Но в реальной жизни Дубыней могли назвать не только силача, а и просто крепкого, коренастого человека.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Дубын- добавлен суффикс принадлежности -ин. Форма Дубынина — женская, мужской вариант — Дубынин. Такие фамилии на -ин обычно возникали, когда прозвище или имя отца оканчивалось на -а или -я: Дубыня → сын Дубынина, дочь Дубынина.

Географически фамилия Дубынина встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших владениях Новгорода и Вологодской губернии. Там дубовые рощи были редкостью, и имя Дубыня могло подчеркивать необычную стать человека, а не связь с дубравой.

В отличие от распространённых фамилий на -ов (Дубов, Дубинин), форма с суффиксом -ин встречается реже и указывает на более архаичный способ именования — по личному прозвищу, а не по профессии или месту жительства.