Фамилия Дудукин чаще всего происходит от прозвища Дудука, которое, в свою очередь, связано со старинным народным музыкальным инструментом — дудой. На дуде обычно играли пастухи, поэтому можно предположить, что основатель рода либо сам был пастухом, либо занимался изготовлением этого инструмента. Материалы для дуделок были самыми простыми: бузинная трость, камыш, тростник или снятая ранней весной кора с ивового прута.

Однако этимология не ограничивается музыкой. В русских говорах существовал глагол «дудить» — «пить много, залпом, без передышки, чаще о нехмельном напитке». Если прозвище дали за манеру пить воду или квас, фамилия указывала на особенность поведения, а не на ремесло. Обе версии — инструментальная и «бытовая» — имеют под собой реальную языковую основу, и какая из них верна для вашего рода, уже не установить.

Иногда фамилию Дудукин пытаются связать с армянским дудуком — духовым инструментом из абрикосового дерева. Версия маловероятна: фамилия имеет отчетливую восточнославянскую модель образования с суффиксом -ин, а корень «дуд/дудк» характерен для русских, украинских и белорусских говоров. Армянское заимствование здесь выглядит натяжкой.

Сама фамилия образована по простой и распространенной схеме: к основе прозвища Дудука добавили притяжательный суффикс -ин, который в русской традиции означал «чей?» — «сын Дудуки». Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась, закрепив за потомками память о предке — пастухе, мастере-дудочнике или человеке с характерной привычкой.