Фамилия Дудукины — типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Дудука, и здесь у исследователей есть две основные версии, одна из которых значительно правдоподобнее другой.

Самая вероятная версия отсылает к старинному названию народного музыкального инструмента — дуде (трубе). На дуде обычно играли пастухи, поэтому прозвище Дудука мог получить либо сам пастух, либо, что более интересно, мастер, делавший эти инструменты. Изготавливали их из подручных материалов: бузинной трости, камыша, тростника или снятой весной коры ивового прута. За таким прозвищем стоит конкретное ремесло, а не просто привычка.

Вторая версия, которую приводят реже, связывает прозвище с диалектным глаголом «дудить» — то есть пить много и без остановки (обычно о воде или квасе, а не о хмельном). Если принять эту версию, прозвище указывало бы на особенность поведения, а не на профессию. Встречается и экзотическая гипотеза о связи с армянским дудуком, но она маловероятна: в русской среде, где фамилия и формировалась, этот инструмент был неизвестен, и основа для прозвища была своя, понятная каждому.

Сама фамилия построена по простой и продуктивной модели: к основе Дудук- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Дудукин сын»). Такие фамилии (с суффиксом -ин) в русском языке образовывались от слов и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. О точном месте и времени возникновения фамилии Дудукины говорить сложно — процесс шёл несколько столетий, но прозвище Дудука, а за ним и фамилия, закрепились в крестьянской и ремесленной среде.