Фамилия Духаев образована от мусульманского имени Духа, которое имеет арабские корни. В переводе с арабского «духа» означает «утро», «утренний свет» или «время после восхода солнца». В исламской традиции это слово связано с особым временем суток, когда читается дополнительная молитва-духа. Имя Духа не было широко распространено, поэтому фамилия встречается относительно редко и имеет ярко выраженную региональную привязку.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских и кавказских основ. Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде, где русское делопроизводство фиксировало иноязычные имена. Большинство носителей фамилии Духаев — чеченцы и ингуши. В этих народах имя Духа (или Духаж) встречается чаще, и фамилия указывает на принадлежность к определённому роду или тейпу. Среди чеченцев известен тейп Духархой, и фамилия Духаев могла произойти от его названия.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «духа» — «дух», «дыхание». Но в тюркских языках это слово редко становилось личным именем, поэтому версия с арабским именем выглядит убедительнее. Встречается также вариант написания Духхаев с удвоенной «х», что отражает особенности произношения в чеченском языке.

Фамилия не имеет отношения к дворянским сословиям — её носители в основном были крестьянами и горцами. В дореволюционных документах Духаевы упоминаются в списках жителей Терской области, а после депортации чеченцев и ингушей в 1944 году фамилия встречается в Казахстане и Средней Азии, куда были высланы семьи. Сегодня Духаевы живут преимущественно в Чечне, Ингушетии, а также в Москве и других крупных городах России.