Фамилия Духанов образована от прозвища Духан, и у этого прозвища есть как минимум два объяснения. Первое — бытовое: на Кавказе и Ближнем Востоке духаном называли небольшой ресторан или кабачок с продажей вин. Само слово восходит к арабскому dukkān, то есть «лавка». Вполне вероятно, что основатель рода Духановых держал такое заведение или работал в нём. Эта версия выглядит прямой и логичной: прозвище дали по занятию, по месту работы, что для русских фамилий обычное дело.

Второе объяснение сложнее и уходит в славянские представления о духах. Слово «дух» в древности означало не только бесплотное существо, но и моральную силу, стойкость. Отсюда выражение «человек с духом» — смелый, храбрый. Прозвище Духан могли дать такому человеку. Кроме того, существовала охранительная традиция: родители нарекали ребёнка «плохим» именем, чтобы отвести злых духов. Духаном могли назвать мальчика, желая ему здоровья и защиты. Правда, в русской традиции односложно «духами» нечистую силу называют редко, так что эта версия менее убедительна, но полностью исключать её нельзя.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Духан добавили суффикс -ов, получив отчество-фамилию «сын Духана». Такая модель типична для центральной России и Поволжья. В Книге памяти Нижегородской области упоминаются Андрей Матвеевич Духанов (1905 года рождения) и Матвей Ефимович Духанов (1885 года рождения), оба из села Большое Мамлеево Лукояновского района. В Книге памяти Орловской области записан Сергей Арефьевич Духанов (1893 года рождения) из села Журавка Трубчевского района Брянской области. Эти записи показывают, что фамилия бытовала на стыке Нижегородской, Орловской и Брянской земель, что косвенно подтверждает её русское происхождение, а не принесённое с Кавказа. Если бы предки Духановых были выходцами с юга, фамилия чаще встречалась бы в казачьих областях, но этого не видно. Значит, скорее всего, прозвище Духан имело местные корни и было связано либо с характером человека, либо с его профессией, но не с восточным заведением.