Фамилия Духанана — редкий случай, когда географический разброс подсказывает ответ быстрее, чем морфология. В русском языке фамилии на -ана почти не образуются от русских корней, зато характерны для западных и южных славян, а также для народов Кавказа. Скорее всего, перед нами фамилия, записанная на слух в документах XIX — начала XX века, когда переселенцам или новобранцам давали фамилию по прозвищу, а писарь фиксировал её в той форме, в какой услышал.

Основа «Духан» в разных языках означает разное. В арабском и тюркском «духан» — это табачная лавка, табачный дым или просто магазинчик. На Кавказе, особенно у осетин и ингушей, «Духанан» могло быть патронимическим именем: «сын Духана» или «принадлежащий к роду Духана». В таком случае фамилия образована по модели, типичной для горских народов: личное имя + суффикс принадлежности -ан/-ана. Если же искать корни в славянской среде, то «духан» — это западноукраинский или польский вариант слова «дух» (запах, дыхание), и фамилия могла означать «сын Духана» (от прозвища Духан — человек с сильным запахом, либо, наоборот, «духовитый», то есть одарённый, вдохновлённый). Но суффикс -ана в славянских фамилиях встречается редко, обычно в форме -анов (Духанов). Поэтому версия с кавказским происхождением выглядит правдоподобнее: носители фамилии Духанана могли быть выходцами из Осетии, Ингушетии или Чечни, где такие окончания — норма.

В пользу кавказской версии говорит и то, что фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Духанана), что свойственно многим фамилиям этого региона. Если бы фамилия была славянской, она звучала бы как Духанов или Духанин, а окончание -ана скорее указывает на то, что перед нами не русская модель, а заимствованная запись. Возможно, в основе лежит тюркское слово «духан» (дым, табак), которое стало прозвищем торговца или курильщика, а затем закрепилось как родовое имя. В любом случае, однозначного ответа нет, но география и грамматика подсказывают, что фамилия Духанана — скорее кавказского или тюркского происхождения, чем славянского.