Фамилия Духненкова — женская форма фамилии Духненков, которая встречается реже, чем можно было бы предположить, судя по её прозрачной основе. В ней слышится корень «дух», но прямой связи с «духовностью» или «духовным саном» почти наверняка нет. Скорее всего, в основе лежит мирское имя или прозвище Духно — так в старину могли назвать человека вспыльчивого, «горячего» нравом, или, напротив, того, кто славился крепким здоровьем и силой, «духом». В русских говорах слово «дух» имело и более приземлённое значение — запах, духота, так что прозвище могло относиться к особенностям быта или работы, например, к тому, кто работал в душном помещении, у печи.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -енк- в фамилиях на -енков типичен для западнорусских и украинских земель (ср. Бондаренко, Коваленко), но в русском варианте он превращается в -енков, добавляя патронимический суффикс -ов. Таким образом, Духненков — это «сын Духненка», то есть «сын человека по прозвищу Духно». Уменьшительный суффикс -енк- придаёт прозвищу оттенок родственной или бытовой близости: Духненко — это «маленький Духно» или «сын Духно». Фамилия Духненкова, соответственно, означает «дочь (или жена) Духненкова».

Географически фамилия Духненков и её женская форма тяготеют к южным и западным областям России, а также к востоку Украины. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Курской, Воронежской губерниях, что подтверждает её связь с диалектной средой, где были распространены прозвища на -но (Духно, Смехно, Болтно). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые давали по имени отца, модель на -енков чаще возникала в среде крестьянства и однодворцев, а не в высших сословиях.

Редкость фамилии объясняется тем, что основа «дух» в прозвищах не была самой массовой — чаще использовали корни, связанные с внешностью или профессией. Зато у фамилии есть однокоренные «родственники»: Духов, Духовников, Духнов. Духненкова стоит особняком именно из-за уменьшительного суффикса, который делает её не просто «принадлежащей Духу», а потомственной и более личной. Если искать предка, то, скорее всего, это был крестьянин или ремесленник из южнорусских губерний, которого в округе знали под прозвищем Духно — за характер, запах ремесла или просто за громкий голос.