Фамилия Душаков происходит от прозвища или мирского имени Душак. Самая ранняя известная фиксация этого имени относится к 1545 году — в новгородских архивных документах упомянут крестьянин Душак. Само слово «душак» в украинском языке означает «дятел». Если исходить из этой версии, прозвище могли дать человеку трудолюбивому и настойчивому — по ассоциации с птицей, которая долбит дерево в поисках пищи. Но есть и бытовая, более прямая параллель: столяр или плотник, который постоянно стучит молотком, тоже вполне мог получить прозвище Душак.

Вторая версия связана с древней славянской традицией мирских имён. Родители могли наречь ребёнка Душаком, чтобы через имя передать ему качества животного-покровителя — в данном случае трудолюбие и упорство дятла. Такие имена, образованные от названий зверей и птиц, были распространены до эпохи христианизации и нередко сохранялись в быту как второе, нецерковное имя.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Душак прибавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Душака). Формально фамилия Душаков — типичная «отчество» от прозвища, и её носители — потомки человека, которого в XVI веке знали под этим именем или прозвищем.