Фамилия Душаева образована от мужского имени Андрей, а точнее — от его просторечной, народной формы Дюша (или Душа). Имя Андрей пришло из греческого языка и означает «мужественный», но в русской среде оно дало множество уменьшительных и обиходных вариантов: Андрюша, Дюша, Дуня, Дюня. Форма Душа (Дюша) закрепилась как самостоятельное прозвище или нецерковное имя, от которого и пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Душаев буквально значит «сын Души» или «потомок того, кого звали Душей». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён, прозвищ или профессий. Если бы основой было слово «душа» в прямом значении, фамилия звучала бы как Душин — с суффиксом -ин. Форма Душаев с -ев говорит о том, что в основе лежит имя или прозвище на -а, а не нарицательное существительное.

Встречаются и другие версии происхождения. Например, в тюркских языках есть слово «душа» (друг, товарищ), и у народов Кавказа или Поволжья фамилия могла возникнуть независимо от русского имени. Но для исконно русских носителей наиболее вероятна связь с Андреем: в старых переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с именем Дюша, Душка — это подтверждают работы по исторической ономастике.

Носители фамилии Душаева исторически жили в центральных и южных губерниях России, а также на Урале. Среди сословий чаще встречались крестьяне и мещане. В дворянских родословных фамилия не зафиксирована — это говорит о её «низовом», народном происхождении. Сегодня Душаевы живут по всей России, но наибольшая концентрация — в Ростовской области и Ставропольском крае.

Фамилия однокоренная с Дюшаев, Душин, Душкин — все они восходят к одному источнику, но различаются суффиксами, что меняло оттенок значения: Душин — «принадлежащий Душе», Душаев — «сын Души». Такие варианты часто путали при переписях, и в разных ветвях одной семьи могли записать фамилию по-разному.