Фамилия Душеньков — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий, образованных от распространённых крестильных имён или названий профессий, здесь мы имеем дело с прозвищем или мирским именем, которое может удивить.

Основа фамилии — слово «душенька». В современном русском языке это ласковое обращение, уменьшительное от «душа». Однако в роли прозвища, а затем и фамильного имени, это слово могло иметь иной оттенок. В старину «душенькой» могли назвать не просто милого человека, а, скорее, того, кто обладал мягким, покладистым характером, был «душой компании» или, напротив, отличался излишней чувствительностью. В некоторых говорах это слово могло относиться к человеку, который «душевно» пел или говорил.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Душеньков — это буквально «сын Душеньки». То есть фамилия закрепилась за потомком человека, которого в округе знали под прозвищем Душенька. Важно не путать её с фамилией Душенков (от «душить» или «душный»), которая имеет совсем другую, более грубую этимологию.

Встречается Душеньков преимущественно на юге России и в украинских землях, что типично для фамилий с уменьшительно-ласкательными основами. Интересно, что в некоторых старых документах можно найти вариант написания через «о» — Душонков, что отражает акающее произношение: в безударном положении «е» звучало как «о», и писарь записывал на слух.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с мягким нравом или получил ласковое прозвище от окружающих — и это прозвище пережило века, превратившись в фамильный знак.