Фамилия Душенькова в своей основе содержит слово, которое сегодня воспринимается как ласковое обращение, но в прошлом имело более конкретный смысл. Это притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ов- от прозвища или имени Душенька. Суффикс -а указывает на женскую линию рода: в русской традиции так записывали жен и вдов, а в более позднее время — дочерей, чьи отцы, мужья или деды носили фамилию Душеньков.

Ключ к пониманию фамилии — слово «душа» в его древнерусском значении. В крестьянской среде «душенькой» могли называть не только любимого человека, но и того, кто приходился кормильцем, был «душой семьи» или отличался душевностью, мягкостью характера. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «душенька» означала «вырез» в одежде, «душку» — часть ворота. Прозвище Душенька мог получить портной, который специализировался на таких деталях, или человек с заметной особенностью одежды.

Модель образования фамилии — типичная для центральных и северных губерний России, где преобладал суффикс -ов/-ев. В южных и восточных регионах чаще встречалась бы форма Душенко. Интересно, что фамилия Душеньков встречается в документах XVII века, например, среди однодворцев — служилых людей, которые жили на границах государства и сочетали военную службу с земледелием. Это указывает, что предки носителей фамилии не были крепостными, а принадлежали к свободному сословию.

Однокоренные фамилии — Душин, Душкин, Душечкин — образованы по той же модели, но с разными уменьшительными суффиксами. Душенькова стоит в этом ряду особняком: суффикс -еньк- придаёт прозвищу не только уменьшительность, но и оттенок особой нежности, что делает фамилию скорее «домашней», прозвищной, а не официально-родовой. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, что подтверждает её локальное происхождение — скорее всего, из одного-двух родов, расселившихся по центральной России.