Фамилия Дуткинский образована по самой распространенной в Восточной Европе модели — с помощью суффикса -ский, который первоначально указывал на принадлежность к месту или владельцу. В основе фамилии лежит топоним Дуткино или Дутки. Такие названия встречаются в разных регионах России и Беларуси, например, деревня Дуткино есть в Смоленской и Псковской областях. Человек, переселившийся из такого села или владевший им, получал прозвище Дуткинский — «тот, кто из Дуткина».

Корень «дут-» восходит к глаголу «дуть» или к слову «дудка». В старину «дуткой» или «дудкой» могли называть человека, который играл на дудке, пастуха-дударя, а также болтуна или пустого человека (от «дуть» в смысле «врать, хвастать»). В говорах «дутка» означала и некое орудие для раздувания огня, и даже вид растения. Таким образом, первичное прозвище Дутка могло относиться к музыканту, лгуну или просто к человеку с пышными щеками — образ надутого лица.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в крестьянской среде закреплялись раньше, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках чаще носили дворяне, духовенство и мещане. Дуткинский мог быть выходцем из шляхты, получившим фамилию по имению, или семинаристом, которому дали «географическую» фамилию при поступлении в училище. Встречается и вариант написания Дудкинский — с тем же корнем, но с более прозрачной этимологией.

Словообразовательная модель проста: основа Дутк(а) + суффикс -ин(ский). Суффикс -ин в данном случае не притяжательный, а топонимический: он входит в состав прилагательного от названия на -ино. Фамилия редкая, в современных справочниках массово не фиксируется, что говорит о её узколокальном происхождении — скорее всего, из одного или двух родовых гнезд на северо-западе России.