Фамилия Дынкин (в женском роде — Дынкина) принадлежит к характерному пласту еврейских фамилий, образованных с помощью славянского суффикса принадлежности -ин. В отличие от многих ашкеназских фамилий, которые оформлялись формантами вроде -зон («сын»), -ман («человек») или -кинд («ребёнок»), здесь мы видим адаптацию к языковой среде Восточной Европы: к основе добавили русский суффикс, указывающий на принадлежность роду.

Корень фамилии — Дынк- — скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. Одна из версий связывает его с уменьшительной формой имени Даниил (Даня → Дынка), что характерно для еврейских фамилий, образованных от библейских имён. Другая гипотеза, более редкая, отсылает к идишскому слову «динк» (дума, мысль) — такое прозвище могли дать рассудительному или задумчивому человеку. Точное происхождение без генеалогических изысканий установить сложно, но ясно, что фамилия возникла в черте оседлости, где еврейские имена и прозвища активно русифицировались.

Стоит отметить, что фамилия Дынкин не относится к распространённому типу еврейских фамилий-аббревиатур (как, например, Кац — от «коэн цэдэк», праведный священнослужитель). Она образована по другой модели — от личного имени или бытового прозвища. Тем не менее, как и любая фамилия, уходящая корнями в местечки и штетлы Российской империи, Дынкин — это памятник еврейской культуры, зафиксировавший в себе языковые и социальные процессы своего времени. Окончательно говорить о точном времени и месте появления фамилии можно только на основании серьёзных архивных разысканий.