Фамилия Дюбаков — редкий пример, где за основу могли взяться сразу два совершенно разных корня, и оба имеют право на существование. Первая и наиболее прямая версия отсылает к глаголу «дюбать» — «клевать, как куры». Прозвище Дюбак в этом случае давали либо человеку с характерной манерой есть (мелко и часто), либо тому, кто напоминал птицу, скажем, сутулостью или резкими движениями головы.

Вторая версия выводит фамилию из торговой или бытовой сферы. Слово «дюбек» в старое время означало табак высшего сорта с особенно сильным, терпким ароматом. Прозвище Дюбак могли закрепить за заядлым курильщиком, которого узнавали по запаху, или за торговцем, который специализировался на дорогих сортах табака. В отличие от многих «табачных» фамилий (например, Табаков), Дюбаков звучит более конкретно — отсылает не к растению вообще, а к определённому, элитному продукту.

Словообразовательная модель проста: прозвище на -ак (Дюбак) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилия закрепилась как «сын Дюбака» и не имеет в своей основе тюркских или финно-угорских корней, несмотря на непривычное для русского уха звучание. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где были распространены табачные посадки и оживлённая торговля.

Спор между «птичьей» и «табачной» версиями не имеет однозначного решения. Обе гипотезы фиксируются в ономастических словарях, и выбор зависит от того, в какой губернии жили первые носители. Если предки были крестьянами-земледельцами, вероятнее версия с «дюбать». Если же они упоминаются в мещанских или купеческих списках — «дюбек» выглядит убедительнее.