Фамилия Дюбаковы (и её мужская форма Дюбаков) происходит от прозвища Дюбак. Чаще всего его связывали с сортом табака «дюбек» — так называли крепкий, ароматный табак высшего качества. Прозвище могло прилипнуть либо к заядлому курильщику, который предпочитал именно этот сорт, либо к торговцу, который его продавал. То есть перед нами одновременно и характеристика по привычке, и указание на род занятий.

Есть и другая версия — от глагола «дюбать», то есть «клевать, как куры». В этом случае прозвище Дюбак мог получить человек с характерной манерой есть или двигаться, либо тот, кто держал птицу. Этот корень встречается в южнорусских и украинских говорах, что может указывать на географическое происхождение носителей фамилии.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Дюбак- добавили патронимический суффикс -ов. Это значит, что первый носитель фамилии был сыном человека по прозвищу Дюбак. В окончании на -ов нет ничего редкого, но сама основа нечастая: фамилия Дюбаков встречается реже, чем однокоренные Дюбанов или Дюбин.

Точное место и время возникновения фамилии не установлены. Скорее всего, она оформилась не позднее XVII–XVIII веков в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давали по бытовым и профессиональным признакам. В сословном отношении фамилия не элитарная — её не встретишь среди старых дворянских родов, но это не делает её менее ценной как памятник живой народной речи и славянской культуры.