Фамилия Дюбкина образована от прозвища Дюбка. Основа — диалектный глагол «дюбать», то есть «клевать (о курах)». В ономастике такие прозвища относят к «птичьей» группе, но с конкретным бытовым оттенком: человека могли назвать Дюбкой за манеру мелко и часто кивать головой или за привычку есть понемногу, «как птичка». В крестьянской среде это могло быть ироничное, но безобидное прозвище ребёнка, который плохо кушал.

Другая версия — профессиональная. Дюбкой на русском Севере могли называть птицевода или того, кто пас домашнюю птицу, особенно кур. Глагол «дюбать» в некоторых говорах употребляли и в значении «долбить, стучать» — тогда прозвище мог получить плотник или человек, работающий с деревом. Однако связь с птицей остаётся основной: суффикс -к- в прозвище Дюбка типичен для обиходных имён, образованных от глагольного действия.

Сама фамилия — типичная патронимическая модель на -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — Дюбкин, то есть сын или потомок Дюбки. В женском роде — Дюбкина. Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение основы.

Таким образом, фамилия Дюбкина хранит память о прозвище, которое либо описывало внешнюю черту или поведение предка, либо указывало на его занятие — разведение кур или работу, связанную с долблением.