Фамилия Дюдюкины — один из тех случаев, когда за основу взяли не имя, а прозвище, и прозвище это звучит необычно. В её основе лежит слово «дюдюка», которое восходит к общетюркскому «дюдюк» — духовой деревянный музыкальный инструмент в виде цилиндрической трубки с отверстиями. В славянской среде это слово прижилось в виде прозвища, и оно прямо указывает на род занятий: первый Дюдюка мог быть либо музыкантом, игравшим на таком инструменте, либо мастером, который их изготавливал.

Модель образования проста и типична для восточнославянских фамилий: к основе Дюдюк- добавили суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Дюдюкин — значит «сын Дюдюки» или «потомок Дюдюки». Такая модель широко распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

У фамилии есть и альтернативная версия происхождения, но она менее убедительна. Иногда Дюдюку связывают с диалектным глаголом «дюдюкать» — говорить невнятно, бормотать. Однако в ономастике первым делом смотрят на устойчивые лексические параллели, и связь с музыкальным инструментом выглядит гораздо надёжнее: тюркское заимствование «дюдюк» хорошо документировано, а прозвища по ремеслу — один из главных источников фамилий.

География фамилии неширокая, но устойчивая. Дюдюкины встречаются в основном в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает тюркское влияние: именно в этих регионах контакт славянского и тюркского населения был особенно плотным. Сословно носители фамилии скорее всего относились к крестьянам или посадским людям — профессиональные прозвища музыкантов и ремесленников редко давали начало дворянским родам.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно. Массовое закрепление фамилий у крестьян произошло в XIX веке, но отдельные случаи фиксации прозвища Дюдюка могли быть и раньше. Для окончательных выводов нужны генеалогические исследования по конкретной местности.