Фамилия Ефимушкина — женская форма от Ефимушкин, а та, в свою очередь, образована от имени Ефимушка. Это не что иное, как ласкательно-уменьшительная форма канонического крестильного имени Евфимий (в просторечии — Ефим). В переводе с греческого Εὐφήμιος означает «благочестивый», «священнобезмолвствующий», но в быту это значение стёрлось, и имя стало просто популярным русским мужским именем.

Словообразовательная конструкция здесь трёхслойная: имя Ефим → уменьшительное Ефимушка → фамилия Ефимушкин. Суффикс -ушк- в имени указывает на нежный, семейный или дружеский тон обращения. А вот фамильный суффикс -ин стандартен для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я: Ефимушка → Ефимушкин. Такая модель типична для центральной и северной России, где фамилии на -ин, -ов встречаются повсеместно.

Интересно, что фамилия Ефимушкин (и её женская форма) встречается значительно реже, чем однокоренные Ефимов, Ефимкин или Ефимочкин. Это говорит о том, что прозвище или домашнее имя Ефимушка могло быть узкосемейным — так звали конкретного человека в его окружении, и это обращение закрепилось за его потомками. В отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных форм имени (Ефим → Ефимов), суффикс -ин в паре с уменьшительным именем выдает более интимную, «домашнюю» историю происхождения.

Географически фамилия Ефимушкина (и мужской вариант) тяготеет к Поволжью и некоторым областям центральной России, но не образует плотных гнёзд. Встречается она и среди старообрядческих семей, где любили сохранять архаичные и уменьшительные формы имён. Прямых указаний на сословную принадлежность нет: Ефимушкиными могли быть и крестьяне, и мещане, и купцы — фамилия не даёт привязки к дворянству или духовенству, так как образована от простого обиходного имени без дополнительных формантов (вроде -ский).