Фамилия Елисеенкова — женская форма фамилии Елисеенков, в основе которой лежит христианское имя Елисей. В переводе с древнегреческого оно означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В русской ономастике эта фамилия относится к так называемым «полуотчествам»: её образовали с помощью суффикса -енков, характерного для южнорусских и белорусских земель (в отличие от северного -евич или распространённого -ов). Такая модель указывает на происхождение предка из регионов, где фамилии активно складывались по схеме «имя отца + -енко» (или его вариант -енков), а затем закреплялись в документах в русской адаптации.

Суффикс -енков — это русифицированная форма украинского -енко, который буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Елисеенков — это «сын Елисея», а Елисеенкова — его дочь или жена. В отличие от фамилий на -их/-ых, которые часто закреплялись за целым родом, форма на -ов здесь указывает на прямую патронимическую связь с конкретным человеком по имени Елисей.

Само имя Елисей в крестьянской и мещанской среде было достаточно распространённым, поэтому носители фамилии не обязательно принадлежали к какому-то одному сословию. Скорее всего, предок Елисеенковых был простым человеком, которого в быту называли по отцу — Елисеенок, то есть «Елисеев сын». При переписи или оформлении документов это прозвище записали как Елисеенков, а для женщин — Елисеенкова.

Географически фамилия чаще всего встречается в областях, граничащих с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской, а также в южных регионах России. Это подтверждает её южнорусские корни и типичную для тех мест словообразовательную модель. Встречаются и однокоренные варианты: Елисеев, Елисеенко, Елисеевич — все они восходят к одному имени, но различаются по суффиксам и, соответственно, по региону бытования.