Фамилия Елисеенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Елисеенков послужило церковное имя Елисей. Мужское крестильное имя Елисей в переводе с древнееврейского означает «спасенный Богом». Вероятно, основатель рода Елисеенковых был представителем высшего сословия. Скорее всего, фамилия Елисеенков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Елисеенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Елисей, со временем получил фамилию Елисеенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Елисеенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Елисеенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.