Фамилия Елисеенков образована от мужского крестильного имени Елисей. В переводе с древнееврейского это имя означает «спасенный Богом» — именно оно легло в основу прозвища или мирского имени родоначальника. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия на -ов, но её внутренняя форма указывает на более сложный путь.

Ключевая особенность — суффикс -енк-, который в украинской и белорусской традиции означает «маленький», «потомок» или «сын» (Елисеенко — буквально «сын Елисея»). Фамилии на -енко широко бытовали на территории современных Украины и юга России, в среде казачества и крестьянства. Поэтому версия о том, что основатель рода Елисеенковых был представителем высшего сословия, скорее всего, ошибочна: прозвищные фамилии на -енко, как правило, носили простые люди, а не дворяне.

Вероятно, род Елисеенко переехал в центральные или северные области России, где и произошла русификация фамилии: к украинской основе Елисеенко добавили типично русский патронимический суффикс -ов. Так возник вариант Елисеенков — гибридная форма, которая закрепилась в документах. В отличие от чисто русских фамилий (Елисеев, Елисеевский), Елисеенков сохранил память о южном корне и миграции предков. Встречается фамилия в основном в Курской, Белгородской, Воронежской областях и на Дону — там, где смешивались украинские и русские говоры.