Фамилия Елисенков — один из вариантов русификации украинской или белорусской фамилии Елисенко. В её основе лежит крестильное имя Елисей, которое в переводе с древнееврейского означает «спасенный Богом». Покровителем этого имени считается библейский пророк Елисей, ученик Илии.

Строение фамилии указывает на её позднее происхождение. Модель «Елисенко + -ов» типична для переселенцев с Украины или Белоруссии, которые в XVI–XVIII веках оседали в южнорусских и центральных губерниях. Местные писцы или сами носители прибавляли к фамилии на -ко русский суффикс -ов, чтобы адаптировать её к привычной модели отчества. Таким образом, Елисенко — это «сын Елисея» (через суффикс -енк-), а Елисенков — уже «сын Елисенка», то есть внук Елисея.

В документах фамилия встречается в двух написаниях: Елисенков и Елизенков. Второй вариант отражает акающее произношение, когда безударная «е» звучит как «и». Такая замена — не ошибка, а естественное развитие живой речи, закрепившееся в письме.

Родственные фамилии — Елисеев, Елисов, Елисенко. Елисенков стоит особняком: если Елисеев сразу означает «сын Елисея», то Елисенков — это «внук», что говорит о более длинной семейной истории, уходящей корнями в среду казачества или крестьянства южных регионов.