Фамилия Елишена — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, типичным для русских фамилий (сравните: Машина, Петина). Однако форма Елишена — это женский вариант, а не исходная мужская. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от мужских имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: от имени Елиша (устаревшая форма библейского Елисей) логично было бы получить Елишин, а не Елишена. Поэтому здесь, скорее всего, не русская модель, а влияние другой культуры.

Вероятнее всего, фамилия Елишена имеет украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -енко, -ук, -ич распространены, но встречается и форма на -ена, которая могла закрепиться как вариант родительного или творительного падежа в документах (например, «сын Елишены»). Основа — Елиш — может восходить к просторечной форме имени Елисей (Елиша, Елишка). В старину Елисей было нередким именем, особенно в крестьянской среде, и от него образовывали множество производных: Елишев, Елисеев, Елишин. Фамилия Елишена — более редкий и локальный вариант, возможно, записанный в какой-то конкретной местности, где фамилии оформлялись не по общерусскому стандарту.

Другая версия — отчество от прозвища Елиша, которое могло означать «тот, кто ел» (от глагола «есть»). Но это менее вероятно: прозвища от глаголов в прошлом обычно давали по действию (Едун, Едало), а Елиша — скорее уменьшительная форма имени. Никаких документальных подтверждений прозвищной версии нет.

Сословно носители фамилии Елишена, судя по редкости и окончанию, относились к крестьянам или мещанам. Дворянские фамилии такой формы почти не встречаются. Географически фамилия может быть привязана к юго-западным губерниям Российской империи — современным Украине и Беларуси, а также к пограничным областям России (Брянская, Смоленская). В переписях XIX века Елишена встречается единично, что говорит о её локальном характере.

Итог: фамилия Елишена — скорее всего, украинское или белорусское отчество от имени Елиша (Елисей), оформленное по местной модели. Это редкий вариант, который не попал в массовые списки фамилий, но сохранился в отдельных семьях.