Фамилия Елькова — женская форма фамилии Ельков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Елько. В основе лежит слово «ель» — хвойное дерево. Такие «растительные» фамилии в русской традиции не редкость, но их происхождение не всегда прямолинейно. Прозвище Елько могли дать человеку высокому, стройному или, напротив, колючему и неуживчивому по характеру. Однако есть и другая, более конкретная версия.

В северных и сибирских говорах «елькой» называли не просто дерево, а особое место — ельник, еловый лес. Житель такой местности или человек, чей дом стоял у елового бора, легко получал прозвище Елько. Фамилия могла закрепиться за крестьянами, чьи наделы земли граничили с еловыми угодьями, или за теми, кто занимался заготовкой еловой древесины.

Суффикс -ов- в фамилии Ельков указывает на притяжательную модель: «чей?» — «Ельков», то есть сын Елька. Такая модель была основной для фамилий крестьянского и мещанского сословий в центральной России. Интересно, что фамилия Ельков встречается в основном в старообрядческих регионах — на Урале, в Сибири и в Вятской губернии. Это даёт основание предположить, что предки носителей фамилии могли быть староверами, которые селились в глухих лесистых местах, где ель была основным деревом.

В словаре Б. Унбегауна фамилия Ельков приводится в ряду типичных «древесных» фамилий, но без указания на какие-то особые ветви рода. Написание через «ё» — не ошибка, а историческое: в дореволюционных метрических книгах букву «ё» часто писали как «іо» или просто «е», поэтому в документах XIX века фамилия могла выглядеть и как «Елькова», и как «Елкова». Современное ударение, как правило, падает на первый слог: Е́лькова.