Фамилия Елькинова — женская форма фамилии Елькинов, и её происхождение стоит искать через мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Елька, которое могло образоваться от имени Елисей (в народной форме Елисейка, Елька) или от слова «ель». В первом случае — это уменьшительное от канонического имени, во втором — прозвище по месту жительства: человек, живший у елового леса, или же тот, кто занимался заготовкой еловой древесины. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Елькинов, то есть сын Ельки. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за потомками.

Версия с именем Елисей кажется более вероятной: такие фамилии, как Елькин, Елькины, встречаются в документах с XVII века. Например, в переписных книгах Вятки и Перми Великой упоминаются крестьяне Елькины — потомки Елисея, чьё имя в бытовой речи сократили до Елька. Менее распространённая, но возможная гипотеза — связь с диалектным словом «елька» (вид лодки или снасти), но документальных подтверждений почти нет, и в ономастике эта версия считается слабой.

Географически фамилия Елькинова чаще всего встречается в регионах Русского Севера и Поволжья: Архангельская, Кировская, Пермская области, а также в Удмуртии. Это объясняется тем, что имя Елисей было популярно в старообрядческой среде, а сами Елькины нередко были государственными или монастырскими крестьянами. Сословная принадлежность — почти всегда крестьянство, без дворянских ветвей, что подтверждается ревизскими сказками XIX века.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Елькин — более распространённая форма, а Елькинов — вариант с патронимическим суффиксом -ов, который мог возникнуть под влиянием соседних говоров (например, в центральной России). Встречается и написание Елькинова через «ё» (Ёлькинова), но это скорее местное произношение, а не отдельная фамилия. Таким образом, носительница фамилии Елькинова может считать своими предками крестьян из северных или вятских земель, носивших имя Елисей в его народной форме.