Фамилия Эллин — редкий случай в русском ономастиконе. Она не образована от прозвища, ремесла или крестильного имени, а напрямую восходит к древнему самоназванию греков — «эллины». В XIX веке это слово входило в русский литературный и книжный язык как обозначение древних греков (в отличие от «ромеев» или «греков» византийской эпохи). Поэтому первая и самая очевидная версия: фамилию могли дать в духовной семинарии или академии будущему священнику или учителю. В семинарской среде было принято переводить фамилии на греческий или латынь либо давать «благозвучные» книжные прозвища. Семинарист с фамилией Греков мог стать Эллиновым, а его сын — уже просто Эллиным, если фамилия сократилась в бытовом употреблении.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище Эллин мог получить человек, чем-то напоминавший грека — смуглой кожей, курчавыми волосами, говором или манерой одеваться. Однако в крестьянской среде такое прозвище было бы редким: слово «эллин» оставалось книжным, в отличие от более ходовых «грек» или «гречанин». В казачьих и южнорусских областях, где контакт с греками был реальным, скорее дали бы фамилию Греков или Гречаный.

Морфологически фамилия стоит особняком. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов — ни -ов, ни -ин. Форма «Эллин» — это чистая основа, без патронимического окончания. Такое возможно, если фамилия застыла в форме прозвища или если она пришла из другой традиции. Например, среди греков, живших в Российской империи, фамилия Эллин могла быть сознательным национальным самоназванием, особенно в среде просвещённых греческих купцов или преподавателей. После переселения греков в Приазовье и на юг Украины такие фамилии фиксировались в метрических книгах.

География фамилии сегодня размыта. Эллины встречаются и в России, и в Украине, и в Греции. Но в русском контексте это почти всегда след семинарского происхождения либо позднее изменение фамилии в советское время (сокращение от Эллинский или Эллинов). Спорных версий здесь немного: корень прозрачен, и основная задача — не гадать, а понять, в какой среде и когда это книжное слово стало фамилией. Судя по модели, скорее всего, в конце XVIII — первой половине XIX века, в духовном сословии.