Фамилия Елпаева происходит от марийского имени Елпай, что в переводе с тюркского «алып» (или «елп») означает «богатырь». Это одна из тех фамилий, которая напрямую связывает современного носителя с древним дохристианским именником марийцев — насчитывавшим более пяти тысяч имён. Имя Елпай давали не случайно: за ним стояло желание передать ребёнку силу и удаль, а сам обряд имянаречения у марийцев был сложным и многоступенчатым. Младенцу спешили дать хотя бы временное имя сразу после рождения — боялись, что душа умершего без имени не найдёт покоя. Постоянное имя выбирали через три-четыре дня, нередко по созвучию с именем родителя или по местным традициям.

Фамилия образована по типичной для марийской и русской ономастики модели: к основе имени Елпай добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Елпаев). Первоначально это было отчество или притяжательное прилагательное, которое со временем закрепилось как фамилия. Так потомок человека по имени Елпай стал Елпаевым.

Самая яркая историческая деталь, связанная с этой фамилией, — личность сотника Елпая Токшейкова, предводителя марийцев Оршанского района в период смутного времени начала XVII века. Летописи называют его «головой Юж волости» и «сотником черемисским». Под его началом собралось около двух тысяч оршанских мари. Восстание, которое он возглавил, потерпело крах, и часть марийцев укрылась в лесах. Сама фамилия Елпаева — прямое напоминание об этом имени, ставшем в истории нарицательным для бунтарского и свободолюбивого духа марийского народа.

В основе фамилии лежит не просто прозвище, а полновесное личное имя, которое в марийской традиции могло обозначать черту характера, отношение родителей или даже время рождения ребёнка. Имена с корнем «елп» («алп») относятся к группе, восходящей к тюркским заимствованиям, и означают «богатырь», «силач». Таким образом, фамилия Елпаева — это не случайное созвучие, а прямое указание на то, что предок носителя был человеком заметным, возможно, военным или родовым лидером.

Встречается фамилия преимущественно в среде марийцев, особенно в районах, исторически связанных с Оршанским краем и Вятской землёй. В русском контексте она остаётся редкой и сохраняет яркую этническую окраску.