Фамилия Елтовский образована по продуктивной модели на -ский, которая в XVIII–XIX веках часто указывала на дворянское или духовное происхождение. В основе лежит топоним — название населённого пункта Елтово или Елтовка. Таких сёл и деревень в России несколько: Елтово есть в Калужской, Смоленской и Нижегородской областях, а Елтовка — в бывшей Пензенской губернии. Человек, переселившийся из такого места или владевший им, получал фамилию Елтовский.

Корень «елт-» не сразу прозрачен. Скорее всего, он восходит к диалектному слову «елта» или «ёлта» — так в ряде говоров называли низкое сырое место, болотистую низину, поросшую мелким ельником. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «ёлка» в значении «молодой еловый лес», и Елтово могло означать «селение у елового болота». Менее вероятна связь с тюркским «елты» — «собака» или с финно-угорским «елта» — «жилище»; эти версии не подкреплены географией фамилии, которая сосредоточена в центральных и северных регионах России.

Фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах Елтовские встречаются преимущественно среди священнослужителей — псаломщиков, дьяконов и священников. Это типично для фамилий на -ский: духовное сословие часто брало себе фамилии по названию прихода или села, где служило. Например, в Калужской губернии в XIX веке известен священник Иоанн Елтовский, служивший в селе Елтово. Встречаются и дворянские роды с такой фамилией, но их немного, и документально они прослеживаются с середины XVIII века.

В современной России фамилия сохраняется, но остаётся малочисленной. Её носители живут в основном в Калужской, Тверской и Московской областях. Поскольку основа ясна и не имеет спорных омонимов, основная версия происхождения — от названия селения при еловой низине — остаётся наиболее убедительной.