Основой фамилии Емельянникова послужило церковное имя Емилиан. Имя Емельян (Емилиан) в переводе с древнегреческого означает «ласковый, приятный в слове». В основу фамилии Емельянникова легла его производная форма - Емельянник. Скорее всего, основатель рода Емельянниковых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Емельянник, со временем получил фамилию Емельянникова.