Фамилия Емельянникова образована от имени или прозвища Емельянник, а то, в свою очередь, восходит к каноническому церковному имени Емилиан. В древнегреческом языке это имя означало «ласковый, приятный в слове». В русском обиходе форма Емельянник — не просто производная от Емельян, а скорее указание на принадлежность: «сын Емельяна» или «человек, связанный с Емельяном». Модель образования через суффикс -ник здесь встречается реже, чем обычные -ов/-ев или -ин, что делает фамилию морфологически любопытной. Обычно такие фамилии возникали в среде простых крестьян или посадских людей, где имя отца или прозвище превращалось в родовое обозначение без дополнительных патронимических суффиксов. Скорее всего, основатель рода Емельянниковых не принадлежал к дворянству и носил имя Емельянник в быту, а его дети и внуки закрепили фамилию. Встречаемость фамилии сосредоточена в центральных и северных регионах России, особенно в бывших владениях Новгорода и Вологодчины, где суффикс -ник в фамилиях встречается чаще. Сравните с однокоренными Емельянов, Емельянчиков — все они идут от одного корня, но различаются способом словообразования. Емельянникова — фамилия, которая прямо говорит о предке: его звали Емельян, а потомки стали Емельянниковыми.