Фамилия Епифаненков — это не просто вариант на -ов, а отчество второго порядка, что сразу выделяет её среди множества русских фамилий. В основе лежит крестильное имя Епифаний, которое в бытовой речи звучало проще: Епифаня. Имя греческое, означает «Богом явленный»; его носил известный церковный деятель IV века, епископ Саламина, управлявший Кипрской церковью 36 лет.

Словообразовательная цепочка выглядит так: от имени Епифаня сначала образовали отчество Епифаненко (сын Епифани), а уже от него — фамилию Епифаненков, то есть «внук Епифани» или «сын Епифаненко». Суффикс -енко типичен для украинской традиции, а наращение -ов сверху — это русское оформление, которое закрепилось при адаптации фамилии в северных и центральных губерниях. Такая двойная модель встречается нечасто: она показывает, что предки носителей фамилии жили на стыке двух культур — украинской и русской.

Вероятнее всего, формирование фамилии началось около XIV века, когда на южнорусских землях активно шли процессы смешения населения. Фамилия Епифаненков — не просто указание на родство, а живой след того, как имя святого превратилось в семейное прозвище, а затем в устойчивый родовой знак.