Фамилия Епифаненкова — один из тех случаев, когда суффикс сразу указывает на географию и способ образования. В ней соединились сразу два патронимических суффикса: украинский -енко и русский -ов. Первоначально на территории современной Украины сложилась фамилия Епифаненко — «маленький Епифаня», то есть сын человека по имени Епифаня. Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские губернии или попадал в официальные документы, составленные по русским канцелярским нормам, к основе добавляли типичный русский суффикс -ов, и на свет появлялась фамилия Епифаненков. А форма Епифаненкова — это женский вариант или, в традиции русских фамилий на -ов, указание на принадлежность роду: «из дома Епифаненковых».

В основе лежит крестильное имя Епифаний. Оно греческого происхождения (Ἐπιφάνιος) и переводится как «явленный», «Богом явленный». В быту это имя часто сокращали до просторечной формы Епифаня. Церковная история связывает это имя с Епифанием Кипрским, который в 367 году стал епископом Саламина и управлял Кипрской церковью 36 лет. На Руси имя Епифаний встречалось нечасто, но устойчиво, особенно в среде духовенства и купечества. Однако суффикс -енко подсказывает, что основатель рода Епифаненковых, скорее всего, принадлежал к простому сословию: на Украине и в южнорусских землях такие фамилии закреплялись за казаками, крестьянами и мещанами.

Формально фамилия Епифаненкова — отчество второго порядка: Епифаненко — это сын Епифани, а Епифаненков — сын Епифаненко. Но на практике фамилия закрепилась уже в двойном виде. Точное место и время возникновения конкретной ветви рода можно установить только через глубокие генеалогические изыскания, но сама модель образования — украинская основа плюс русский суффикс — говорит о том, что предки жили в зоне культурного и языкового пограничья, вероятно, на Слобожанщине или в южных уездах России.